Ποσά φόρων εισοδήματος εκατοντάδων χιλιάδων  ευρώ προσαυξημένα με τόκους καλούνται να επιστρέψουν στο Δημόσιο χιλιάδες επιχειρήσεις, οι οποίες, έκαναν χρήση του ν. 3220 που τέθηκε σε ισχύ στις αρχές του 2004 και σχημάτισαν αφορολόγητα αποθεματικά επί των καθαρών κερδών που είχαν δηλώσει για τις χρήσεις 2003 και 2004.

Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είχε κρίνει το 2008 ότι τα ποσά των φόρων που γλίτωσαν οι επιχειρήσεις αυτές, σχηματίζοντας αφορολόγητα αποθεματικά επενδύσεων, αποτελούν «κρατικές ενισχύσεις» που δεν συμβιβάζονται με τους κανόνες της εσωτερικής αγοράς και ως εκ τούτου είναι «παράνομες» και θα πρέπει να ανακτηθούν από το Ελληνικό Δημόσιο. Η Κομισιόν θεώρησε, ότι η χώρα μας δεν συμμορφώθηκε πλήρως με την απόφασή της αυτή και προσέφυγε στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, το οποίο, με απόφαση που εξέδωσε την 1η Μαρτίου 2012, έκανε δεκτή τη θέση της Κομισιόν.

Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έκρινε, με το άρθρο 1, παρ.1 της απόφασης 2008/723/ΕΚ ότι η σύσταση αφορολόγητων ειδικών αποθεματικών βάσει των άρθρων 2 και 3 του ν. 3220/2004 συνιστά καθεστώς κρατικών ενισχύσεων που δεν συμβιβάζεται με την εσωτερική αγορά και ότι τα αντίστοιχα ποσά φόρου που ωφελήθηκαν οι επιχειρήσεις από τον σχηματισμό των αποθεματικών αυτών θα πρέπει να ανακτηθούν ως παράνομες ενισχύσεις, εξαιρουμένων αυτών που ήταν συμβατές με τους κανόνες της εσωτερικής αγοράς όπως ίσχυαν κατά τον χρόνο χορήγησής τους.

Για την ανάκτηση των εν λόγω κρατικών ενισχύσεων, κατά το μέρος που δεν είναι συμβατές με την εσωτερική αγορά, σε εκτέλεση της απόφασης του Δικαστηρίου της E.E., θεσπίστηκαν οι διατάξεις της παραγράφου 1 του άρθρου 169 του ν. 4099/2012, οι οποίες προβλέπουν ότι:

α) Το ειδικό αφορολόγητο αποθεματικό επενδύσεων, που έχει σχηματισθεί σύμφωνα με τις διατάξεις των άρθρων 2 και 3 του ν. 3220/2004 (Α’ 15) από τα αδιανέμητα κέρδη των επιχειρήσεων κατά τα οικονομικά έτη 2004 και 2005, συνιστά κρατική ενίσχυση κατά την έννοια του άρθρου 107 παράγραφος 1 της Συνθήκης για τη λειτουργία της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Το ύψος της ενίσχυσης ανέρχεται στο ισόποσο του φόρου εισοδήματος από τον οποίο απαλλάχθηκε η επιχείρηση που προέβη στον σχηματισμό του ειδικού αφορολόγητου αποθεματικού με σκοπό την πραγματοποίηση επενδύσεων σύμφωνα με τους όρους των ως άνω διατάξεων.

β) Η ενίσχυση της περίπτωσης α’ κατά το μέρος που δεν είναι συμβατή με την εσωτερική αγορά, σύμφωνα με τα άρθρα 1 έως 3 της Απόφασης 2008/723/ΕΚ της Επιτροπής, πρέπει να ανακτηθεί από το Ελληνικό Δημόσιο με την έκδοση από τις αρμόδιες υπηρεσίες (Ελεγκτικά Κέντρα και ΔΟΥ) σχετικών φύλλων ελέγχου με τα οποία θα πρέπει να καταλογίζονται σε κάθε μία από τις ωφεληθείσες επιχειρήσεις το ποσό της ενίσχυσης και το ποσό των τόκων που οφείλονται για το χρονικό διάστημα που έχει μεσολαβήσει από τη λήξη της προθεσμίας υποβολής της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος του οικονομικού έτους από τα κέρδη του οποίου σχηματίσθηκε το αποθεματικό μέχρι του χρόνου πραγματικής ανάκτησης του συνολικού ποσού της ενίσχυσης. Το επιτόκιο που πρέπει να εφαρμόζεται είναι το επιτόκιο αναφοράς που ορίζεται, για κάθε ημερολογιακό έτος, από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και δημοσιεύεται στην Επίσημη Εφημερίδα της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Αποτέλεσμα όλων αυτών των εξελίξεων ήταν να εκδοθεί τον Οκτώβριο του 2013 από την τότε Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων η υπ’ αριθμόν ΠΟΛ. 1231/2013 εγκύκλιος με την οποία δόθηκαν οδηγίες σε όλες τις φοροελεγκτικές υπηρεσίες της χώρας (Ελεγκτικά Κέντρα και ΔΟΥ) να ελέγξουν χιλιάδες επιχειρήσεις που επωφελήθηκαν από το ν. 3220/2004 σχηματίζοντας αφορολόγητα αποθεματικά.

Σύμφωνα με τα αποτελέσματα των ελέγχων, οι επιχειρήσεις καλούνται πλέον να πληρώσουν στο Δημόσιο τους φόρους εισοδήματος από τους οποίους απαλλάχθηκαν για τις χρήσεις 2003 και 2004 σχηματίζοντας αφορολόγητα αποθεματικά επί των αδιανέμητων κερδών των χρήσεων αυτών. Τα ποσά των φόρων που οφείλουν να καταβάλουν αναδρομικά για τις χρήσεις 2003 και 2004 επιβαρύνονται με υπέρογκους τόκους.  Δηλαδή, οι επιχειρήσεις υποχρεώνονται να καταβάλουν τους φόρους εισοδήματος από τους οποίους απαλλάχθηκαν για τις χρήσεις 2003 και 2004, κατά τα οικονομικά έτη 2004 και 2005, προσαυξημένους με τους τόκους που αναλογούν στη 14ετή ή 15ετή περίοδο που έχει μεσολαβήσει από τότε μέχρι και την ημερομηνία καταλογισμού.

Ορισμένοι από τους επιχειρηματίες που ελέγχθηκαν και εκλήθησαν να πληρώσουν τα υπέρογκα αυτά ποσά υπέβαλαν στη Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών (ΔΕΔ) της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων (ΑΑΔΕ), ενδικοφανείς προσφυγές με τις οποίες ζήτησαν την ακύρωση των πράξεων οριστικού διορθωτικού προσδιορισμού του φόρου που εξέδωσαν σε βάρος τους οι αρμόδιες φοροελεγκτικές υπηρεσίες, επικαλούμενοι μεταξύ άλλων τις ισχύουσες διατάξεις και την πρόσφατη νομολογία των αποφάσεων του Συμβουλίου της Επικρατείας και των γνωμοδοτήσεων του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους για την παραγραφή των υποθέσεών τους, λόγω παρόδου 13 και 14 ετών από τα έτη υποβολής των οικείων φορολογικών δηλώσεων. Ωστόσο, η ΔΕΔ απέρριψε τις προσφυγές τους, καθώς απεφάνθη ότι οι συγκεκριμένες υποθέσεις δεν έχουν παραγραφεί επειδή υπόκεινται στην κοινοτική νομοθεσία, η οποία υπερισχύει κάθε άλλης διάταξης που προβλέπει το αντίθετο.